Danh pháp của enzyme này là một câu chuyện dài. Phần F1 của enzyme bắt nguồn từ cái tên "fraction 1" (có nghĩa là "phần 1" và FO (chữ "o" chứ không phải số không) bắt nguồn từ việc nó là một oligomycin.[5]

Như là một ví dụ đối với danh pháp của các enzyme bò, một số tiểu đơn vị có các tên gọi theo bảng chữ cái như sau:

• Chữ Hi Lạp: alpha, beta, gamma, delta, epsilon
• Chữ La Tinh: a, b, c, d, e, f, g, h

Một số khác có tên gọi phức tạp hơn:

• F6 ("phần 6")
• OSCP (the oligomycin sensitivity conferral protein), ATP5O
• A6L (đặt theo tên của gien mã hóa cho nó trong vật liệu di truyền của ti thể)
• IF1 (viết tắt theo từ tiếng Anh "inhibitory factor 1" có nghĩa là "yếu tố ức chế số 1"), ATPIF1